وی در خانواده‌ای مذهبی و متوسط رشد کرد، همزمان با ورود به مدرسه، به آموزش قرائت قرآن کریم را آغاز کرد.
در دوره نوجوانی اوقات فراغت خود را در کارخانه «سنگ بری» می‌گذراند، تا به نوبه خود سهمی در تأمین معاش خانواده داشته باشد. وی در بهمن ماه سال 1357 در کمیته دفاع شهری اصفهان فعالیت خود را آغاز کرد.
چندی بعد به عنوان مربی تاکتیک و سلاح در سپاه پاسداران اصفهان مشغول به کار شد و با آغاز غائله کردستان، مسئولیت عملیات سپاه سنندج را بر عهده گرفت.
آقابابایی در سال 1362 به سمت فرماندهی عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان منصوب شد و بعد از مدتی به علت توانائی و کاردانی‌اش فرماندهی تیپ 18 الغدیر را پذیرفت.
او در طول سالهای دفاع مقدس در عملیات‌های متعددی شرکت کرد و چندین مرتبه مجروح شد، اما عملیات کربلای5، برگ زرینی از رشادت‌های او در دوران دفاع مقدس بود.
بمباران شیمیایی دشمن بعثی در این عملیات، برای همیشه آن سردار رشید سپاه اسلام را به بستر بیماری انداخت.
جانباز سرافراز اکبر آقابابایی، سرانجام پس از سالها صبوری در تحمل درد و رنج حاصل از مجروحیت شیمیایی‌اش در سحرگاه پنجم شهریور ماه 1375 در حالی که فرازهایی از زیارت عاشورا را زمزمه می‌کرد، هنگام دمیدن سپیده سحر همراه قافله صبح به آسمان پر کشید و به فیض شهادت رسید.
برخی از مسؤولیت‌های شهید اکبر آقابابایی:- مربی تاکتیک و سلاح در سپاه پاسداران اصفهان
- فرمانده عملیات سپاه سنندج
- فرمانده عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان
- فرمانده تیپ 18 الغدیر
حاج اکبر آقابابایی در زمان شهادت، فرمانده عملیات یکی از یگان‌های سپاه پاسداران بود که به سپاه قدس شهرت دارد.
بخشی از وصیت‌نامه سردار سرتیپ پاسدار شهید حاج اکبر آقابابائی:
الذین هاجروا و جاهدوا فینا لنهدینهم سبلنا
خداوند باریتعالی را شاکرم که این حقیر سراپا تقصیر را هدایت فرموده و در مسیر این راه حق و اسلام عزیز قرار داد که اگر هدایت و رحمت او نبود بنده ای ضعیف چون من به ورطة هلاکت می‌افتاد.
این وصیت را در حالی می نویسم که عازم ماموریتی هستم به منطقه ای که اسلام عزیز سالها د رغربت بسر برده است و برای رشد آن نیاز به جهاد و شهادت است از او که صاحب مرگ و حیات است خواستارم این حقیر گنهکار را به لطف و مرحمت خود بخشیده و شهادت که فخر اولیای الهی است را نصیبم گرداند. ( منظور سردار شهید کشور بوسنی می‌باشد)
اینجانب اکبر آقابابائی فرزند حسینعلی به خانواده و دوستان عزیزم سفارش می‌کنم دست از اسلام عزیز برنداشته و اسلام عزیز را که سالها در غربت بوده یاری کنند و از ولایت تا پای جان دفاع نمایند و بدانند که اسلام بدون ولایت یعنی اسلام بدون علی در هر زمان ، عزیزانم بدانید که دفــاع از ولایت فقیه و مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه ای دفاع از علی (ع) و فرزندان اوست و این محقق نمی شود جز با تلاشی صادقانه در اجرای اوامر بر حق ایشان ، عزیزانـم بدانید که دشمنان قسم خورده انقلاب وقتی مایوس می شوند که بدانند شما مردانه در پشت سر رهبر و قائد خود ایستاده اید و از او پیروی می‌کنید.
عزیزانم بدانید دشمنان اسلام با بهره‌گیری از زر و زور در پی آنند که شما را از گذشته درخشان خود مایوس سازند و شما را به سمت دنیای پر از نیرنگ خود کشانده و از مسیر حق جدا سازند و بردة خود نمایند به همین جهت است که شما باید کاملا هوشیار باشید و فریب دنیای آنها را نخورید و بدانید که همه دنیا فانی است و آنچه باقی می ماند اعمال نیک و کارهای ثواب شماست.
مجاهدین و رزمندگان عزیز که سالهای جنگ را در رکاب رهبر و پیشوای خود حضرت امام خمینی کبیر مجاهدت نمودید ، بدانید که شیطان از هر سو در کمین است ، تا ما رامنحرف نماید، بنابراین مراقب باشید و جهاد در راه خداوند را در هر زمان و مکان فراموش نفرموده شهادت را در آغوش کشید و این انقلاب را به دست صاحب اصلی اش امام زمان (عج) بسپارید.
در پایان از همة عزیزان و از رهبر عزیزم طلب بخشش دارم، امیدوارم از خطاهای این حقیر درگذرید.
والسلام
اکبرآقابابایی
بخشی از خاطرات همسر شهید اکبر آقابابایی:
تازه از جبهه برگشته بود، به اصرار دوستانش با همان سر و وضع خاکی آمده بود خواستگاری. آن موقع ۱۸ سال بیشتر نداشتم. وقتی قرار شد دو نفری صحبت کنیم، اول اجازه گرفت برود وضو بگیرد. بعد با حالت عجیبی چند آیه از قرآن را تلاوت کرد.
وقتی قرآنش تمام شد، شروع کرد به صحبت درباره تمام شرایطی که ممکن بود در زندگی اتفاق بیفتد. آن شب مثل اینکه مهری بر دهان من خورده باشد، نمی توانستم هیچ حرفی بزنم: پرسید: " پس چرا صحبت نمی‌کنید؟ نکند ناراضی هستید ؟ ".
با پافشاری‌ای که کردم پدرم مجبور شد قرار مهربرون قبلی را به هم بزند. قرار مجددی با خانواده‌شان گذاشتیم. این بار کمی واضح‌تر صحبت کرد و گفت که " ممکن است یک هفته بعد از عقد خبر شهادت من را بیاورند. شما مسیر سختی را در پیش دارید. حاضرید با من ازدواج کنید؟ "
یادم هست این جمله را چند بار تکرار کرد. گفتم: " من همیشه آرزو داشتم با کسی ازدواج کنم که مثل برادرم باشد، اخلاقش، روحیاتش. با شرایط شما موافقم".
در محضر حضرت امام عقد کردیم. مادرم خواب دیده بود که امام آمده اند خانه مان و خطبه عقد مرا خوانده اند و حالال این رویا تحقق پیدا کرده بود. بعد از اینکه امام خطبه را خواندند از ایشان خواست که ما را نصیحت کنند.
امام دستانشان را روی شانه اکبر گذاشتند و فرمودند: " بروید و با هم مهربان باشید، با هم مهربان باشید " سالها از آن روز می گذرد ولی هنوز آن لحن گرم و صمیمی را در گوشم احساس می کنم.
بعد از عقد رفتیم سفر، حدود ۶-۵ روز در آنجا بودیم. به حاجی گفته بودم هر جا شما بروید من هم می آیم. هنوز هم باورم نمی شد که این روزهای سخت را گذرانده باشم. همه اش مثل یک خواب بود. یک خواب شیرین.
آن موقع تماس تلفنی مشکل بود. بیسیم را وصل می کرد روی خط تلفن و فقط می گفت : " سلام من خوبم، هنوز زنده ام و خداحافظ " دیر به دیر به خانه می آمد. اما بعد از ۲۰-۱۰ شبی هم که می آمد خانه، وقتی نگاه توی چهره ایشان می کردم یا صدای بوق ماشین ایشان را می شنیدم تمام غم این چند شب تنهایی از دلم بیرون می رفت.
بعضی از مواقع که می آمد خانه از بس خسته بود با لباس خوابش می برد . می گفت : " چایی درست کن، چایی که می آوردم هر چه صدایش می زدم: "حاج اکبر چایی آوردم، فقط چشمش را باز می کرد و می گفت: دستتان درد نکند و دوباره خوابش می برد".
وقتی می فهمیدم می خواهد برود از دو روز قبلش غمزده بودم. موقع رفتن سرش را می گذاشت در گوش من و سوره والعصر را می خواند می گفت: " هر وقت دلت گرفت سوره والعصر را بخوان. حالا هم هر موقع دلم می‌گیرد می‌خوانم".
ده سال زندگی کردیم، اما شاید دو سال بیشتر، با هم نبودیم. ولی من طعم واقعی خوشبختی را در همان سال ها چشیدم. وقتی می دید که من ناراحتم قرآن برایم می خواند. از حماسه عاشورا می گفت و من هم غم و غصه ام را فراموش می کردم.
یادم می آید دفعه اولی که رفتیم سقز مرا گذاشت خانه دوستش، آقای رادان و رفت. وقت رفتن گفت: " ۲۵ روز دیگر برمی گردم". من در طبقه پاین بودم. اتاق پرده نداشت. وقتی به بیرون نگاه می کردم و حیاط پر از برف را می دیدم وحشت می کردم.
هنوز شب نشده تمام درها را قفل می کردم و چراغ های ساختمان را هم خاموش می کردم. کلت حاجی را می گذاشتم روی شکمم و می خوابیدم. ۲۰ - ۱۰ شب که گذشت، یک شب همین طور که اسلحه توی دستم بود، خوابم برد. یک دفعه از خواب پریدم. دیدم یک نفر با آجر به در می کوبد و نور چراغی هم روی برف ها افتاده است.
دلهره عجیبی پیدا کردم. خشاب اسلحه را جا زدم، از راه پله بالا رفتم و گفتم: " آقای رادان بیایید ببنید کی درمی‌زند". آقای رادان هم یک آجر برداشت و آمد توی بالکن. یکدفعه دیدم صدای خنده حاجی از پشت در می آید. همان جا خشکم زد. اسلحه از دستم ول شد. همانطور از پشت در گفت که "حالا دیگه برای من اسلحه می کشی، مامور می آری."
تا چند وقت بعد هر وقت تماس می‌گرفت می‌گفت: " اگر بیایم برایم اسلحه نمی کشی؟ " از آن به بعد برای اینکه دیگر نترسم هر وقت می آمد سر پیچ که می رسید، شروع می کرد به بوق زدن تا پشت در. می گفتم : " حاجی مردم بیدار می شوند". می‌گفت: " میخواهم دیگر نترسی ".
توی محله پیچیده بود وقتی حاج اکبر می آید خانمش را ببیند از اول کوچه بوق می زند. همه برایمان دست گرفته بودند.
یک بار نزدیک عملیات گفت: " نمی شود شما اینجا بمانید. باید بروید اصفهان ". زیر بار نرفتم. گفت: " حاضری بری تو کمین ؟ " گفتم: هر طور صلاح بدانید. گفت : فقط باید دلش را داشته باشی. خانم یکی از دوستان هم با ما بود. خیلی هم می ترسید. یک اسلحه دست حاجی بود، یکی هم دست من. با سرعت زیاد و چراغ خاموش حرکت می کردیم. یک دفعه یک بنز با چراغ روشن از جلوی ما رد شد. حاجی گفت: محکم بنشینید، پشت سر بنز حرکت میکنیم.
گفتم: با این پیکان چطوری آخه؟!
پایش را گذاشت روی گاز و تا آخره محدوده کمین همین طوری رفتیم. آنجا که رسیدیم، بنز رفت، ما هم کنار جاده ایستادیم. عرق از صورتش می ریخت دستش رو بالا برد و گفت: " خدایا شکرت، خودم و خانمم که هیچ، امانتی دوستم سلامت از کمین رد شد".
